I Mərhələ: Hər il 35 məktəbdə açılan birinci siniflərdən bir qismi STS kimi fəaliyyət göstərəcək.  Şagird sıxlığı və digər obyektiv səbəblərə görə məktəblərin tam şəkildə pilota alınması mümkün olmadığından pilot STS siniflər olan 34 məktəbdə parallel olaraq həm də ənənəvi siniflər fəaliyyət göstərir.

II Mərhələ: Sağlam Təhsil texnologiyalarının daha geniş miqyasda tətbiqi üçün qanunverici sənədlərin təkmilləşdirilməsi

III MƏrhələ: Sağlam Təhsil sinifləri fəaliyyət göstərən məktəblərin  tədricən I-XI sinifləri əhatə edən ST məktəblərə çevrilməsi . Bu proses də mərhələli şəkildə ediləcək: Əvvəl ibtifai, sonra ümumi orta, daha sonra tam orta pillələr. 0-21 yaşı əhatə eədəcək meqa-məktəbin yaradılması.

IV Mərhələ: Regionlarda ST məktəblərin və ST siniflərin açılması və planauyğun  genişləndirlməsi;

V Mərhələ: Resublikanın bütün şəhər və rayonlarını əhatə edən ST Məktəblər şəbəkəsinin qurulması;

VI Mərhələ: Orta ixtisas və Ali təhsil müəssisələrində Sağlam Təhsil Texnologiyalarının tədrisi üçün zəruri ixtisasların müəyyən edilməsi və  kaferdaların  açılması.

VII Mərhələ:Orta ixtisas və Ali təhsil müəssisələrində sağlam ətraf mühitin və öyrənmə mühitinin yaradılması;

Bütün mərhələlərdə əldə ediln təcrübənin digər ölkələrin təcrübələri ilə mübadilə edilməsi.